京东在南京设有多个部门，包括但不限于：

  1. 京东五星电器南京研究院：该研究院是京东五星电器与京东共同出资成立的，专注于无界零售领域的研发。

  2. 京东物流科技（南京）有限公司：该公司成立于2023年12月，位于南京市江宁区秣周东路。

  3. 京东汽车运营中心南京分部：该分部位于南京市建邺区梦都大街60号。

  4. 京东智能城市南京研究院：该研究院致力于将人工智能、大数据等技术应用于城市管理、交通出行等领域。

***京东还可能在南京设有其他部门或分支机构，具体可以根据京东公司的官方信息或相关招聘信息来确定。

请注意，以上信息可能会随着时间的推移而发生变化，建议直接咨询京东公司或访问其官方网站以获取最新信息。