南方科技大学有工程学院、理学院、人文社科学院、商学院、创新创业学院、人文与公共管理学院、生命科学学院、医学院、工程学院（含电子与信息工程系、机械与电气工程系）、数学与统计学院、物理与天文学院、工程学院（含材料科学与工程学院、建筑与城市规划学院）等。